Une étude pour préserver la sécurité alimentaire en Ouganda

«Nous espérons que nos recherches auront un écho car elles présentent de grands enjeux pour l’Afrique en termes de sécurité alimentaire à moyen et long termes», explique Stéphane Joost, collaborateur scientifique au Laboratoire de systèmes d’information géographique (LASIG) de l’EPFL et auteur correspondant d’une étude qui vient de paraître dans la revue Frontiers in Genetics.

La theilériose est une maladie bovine véhiculée par une tique. Le parasite qu’elle transporte est à l’origine de la mort de milliers de bovins chaque année en Afrique centrale et orientale. Les pertes annuelles dues à cette maladie dans cette région sont estimées à environ 170 millions de dollars par l’Organisation des Nations Unies pour l'alimentation et l'agriculture (FAO). Ces pertes génèrent de l’insécurité alimentaire pour de nombreuses familles et sont en partie responsable de l’exode rural dans cette région.

Compilation inédite de données

L’étude, co-rédigée avec le post-doctorant Elia Vajana, membre du LASIG et premier auteur, a permis de dresser une carte montrant où cette maladie mortelle était la plus active en Ouganda. Leur carte résulte de la compilation inédite de données épidémiologiques récoltées sur 823 bovins indigènes ainsi que de leur localisation. En utilisant une approche de génomique environnementale , qui couple la probabilité de morsure par une tique, le risque d’infection par le parasite et la génétique des populations bovines, les chercheurs ont pu ensuite identifier des gènes potentiellement impliqués dans le processus de résistance à la theilériose.

L’outil développé vise ainsi à permettre aux vétérinaires locaux (qui ont également pris part à l’étude) de mieux connaître les zones à risques. Les associations d’éleveurs pourront aussi mieux choisir les races à élever, en fonction de la région où ils se trouvent. Pour les chercheurs, l’étude démontre également l’importance de préserver les races indigènes de tout croisement avec d’autres races, notamment européennes. En effet, les races zébuines ayant migré en Afrique depuis l'Inde il y a environ 4'000 ans, offrent une résistance au vecteur de la maladie alors que les espèces importées y succombent seulement quelques mois après l’infection.

Préserver les races indigènes

«Notre étude montre que les croisements effectués en Afrique depuis quelques années sous l’impulsion d’industriels européens avec les promesse d’une meilleure rentabilité en termes de lait et de viande, sont une erreur et une vision à court-terme. Car en diluant le génome des races autochtones, nous allons diminuer leur résistance à cette maladie», explique Elia Vajana. L'étude documente en particulier le rôle de deux gènes dans ce processus de tolérance à la maladie. Cette première étape pourrait donc ouvrir la voie à une possible implémentation de programmes d'élevage orienté sur l’exploitation de cette capacité de résistance.

La publication clôt une recherche menée de A à Z par l’EPFL dans le contexte du projet NextGen, un programme de recherche européen démarré en 2010 (FP7). «Cette étude a fait appel à de gros jeux de données environnementaux produits à partir de stations météo et de satellites, à de gros jeux de données génétiques et sanitaires collectés à l'issue de campagnes de terrain dans le cadre du projet NextGen. Elle emploie des moyens informatiques importants pour faire tourner les modèles statistiques et obtenir les résultats. Ce domaine de la "Geocomputational Molecular Ecology" est représentatif d'une combinaison de compétences uniques que nous avons développées en ingénierie de l'environnement ici à l’EPFL», souligne Stéphane Joost.