Une chercheuse en IC reçoit un prestigieux SNSF Starting Grant
© 2024 EPFL
Maria Brbić, professeure assistante à la faculté IC, s'est vue attribuer des SNSF Starting Grants pour son projet de recherche innovant qui s'attaque à un défi scientifique et sociétal crucial.
Les SNSF Starting Grants, financés par le Secrétariat d'État à l'éducation, à la recherche et à l'innovation (SERI), offrent aux chercheurs en début de carrière des institutions suisses la possibilité de créer leur propre équipe et de mener à bien des projets indépendants révolutionnaires. Chaque projet est sélectionné en fonction de son potentiel à faire progresser les connaissances et à avoir un impact sur la communauté scientifique.
Développement de modèles d'IA pour la biologie cellulaire
Maria Brbić, responsable du laboratoire d'apprentissage machine pour la biomédecine (MLBIO) est à la tête d'un projet transformateur à l'intersection de l'apprentissage automatique et de la biologie cellulaire. Les récentes avancées dans les technologies de la cellule unique permettent aux scientifiques d'étudier l'hétérogénéité moléculaire des cellules individuelles, offrant un aperçu sans précédent sur la santé et la maladie. Cependant, la complexité et l'échelle des données nécessitent des outils de calcul novateurs.
Le projet primé de Brbić vise à développer un modèle d'IA génératif multimodal - un « modèle de fondation » pour la biologie cellulaire - entraîné sur des millions de cellules à travers divers ensembles de données omiques, y compris la génomique, la protéomique et d'imagerie. Contrairement aux modèles existants, qui se concentrent sur des modalités spécifiques, ce modèle intégrera plusieurs types de données dans une représentation unifiée. L'objectif ambitieux du projet est de permettre de nouvelles découvertes, telles que l'identification de biomarqueurs, la compréhension de la régulation des gènes et la prédiction des réponses cellulaires aux médicaments.
Le projet y parviendra grâce à trois objectifs clés : développer des stratégies innovantes de pré-entraînement pour le modèle, permettre des découvertes dans des contextes biologiques jusqu'ici inexplorés et créer un cadre pour prédire les réponses aux médicaments au niveau cellulaire. Le résultat repoussera les limites de l'apprentissage machine et de la biomédecine, offrant de nouveaux outils pour comprendre la vie à son niveau le plus fondamental et ouvrant la voie à la médecine personnalisée.
La recherche de Brbić représente une variation de paradigme, fournissant non seulement des informations théoriques mais aussi des outils pratiques qui pourraient révolutionner la façon dont nous diagnostiquons et traitons les maladies. Les applications du projet sont vastes, couvrant la biologie fondamentale, la pharmacologie et au-delà.
Maria Brbic est professeure assistante en informatique et sciences de la vie à l'EPFL. Elle est également affiliée au AI Center de l'EPFL et à l'Institut de Bioingénierie de l'EPFL (IBI).