Une carte pour identifier les zones à risque de l'hépatite E

Des chercheurs de l’EPFL ont dessiné la première carte du monde montrant les zones les plus à risque d’épidémies causées par le virus de l’hépatite E. Cet outil, qu’ils ont publié sur un site internet ouvert à tous, doit permettre aux gouvernements et aux ONG, notamment lors de l’installation de camps de réfugiés, de baser leurs mesures de prévention sur des données scientifiques. Les chercheurs ont publié leurs travaux dans la revue Scientific Reports.

En Europe, en Chine, au Japon et en Amérique du Nord, l’hépatite E se transmet de l’animal à l’homme via l’ingestion de viande de porc pas assez cuite. Il en résulte généralement une maladie sans risque de mortalité. Au Mexique, en Inde, en Afrique et dans la plupart des pays asiatiques, l’hépatite E survient lorsque la population entre en contact avec des virus issus de matières fécales diluées dans l’eau d’une rivière ou d’un puits. L’Organisation mondiale de la santé (OMS) comptabilise 20 millions d’infections de ce type et 50'000 morts par année à la suite d’épidémies particulièrement mortelles pour les femmes enceintes. Les épidémies apparaissent à la suite d’épisodes de fortes pluies et d’inondations et à la suite de mois de grande chaleur et de sécheresse.

Machine learning
Pour créer leur carte, les chercheurs ont introduit les données géographiques et épidémiologiques de toutes les épidémies d’hépatite E enregistrées depuis 1980 dans le monde jusqu’à ce jour. A l’aide du machine learning, ils ont ajouté à ces données les variables environnementales incluant par exemple pour chaque région du monde les températures, l’humidité du sol et les précipitations de ces quarante dernières années. A ce set d’information, les chercheurs ont encore introduit des chiffres sur la densité de la population et «l’évapotranspiration», soit la quantité d’eau qui s’évapore des rivières à la suite d’épisodes de sécheresse. Ce phénomène était ici pertinent, car il peut concentrer la présence des pathogènes intestinaux dans l’eau qui sera ensuite utilisée pour la cuisine, l’hygiène ou encore, les rites religieux par l’homme.

«Notre étude permet d’affirmer que les zones à risques se situent dans les régions ou la densité de la population est forte, là où il y a des pluies saisonnières, et où l’évapotranspiration est élevée», explique Anna Carratalà, collaboratrice scientifique au Laboratoire de chimie environnementale de l’EPFL et première auteure de l’étude co-rédigée avec Stéphane Joost, du Laboratoire des systèmes d’information géographique de l’EPFL. «Augmenter artificiellement le débit fluvial lors des périodes de l’année les plus chaudes et les plus sèches pourrait par exemple réduire ces risques.»

Données manquantes
Résultant d’un grand travail de synthèse de données déjà en ligne, la publication de l’EPFL n’est pourtant qu’une étape vers des mesures de préventions plus ciblées dans les régions identifiées comme les plus à risque, précisent les chercheurs. Leur carte montre par exemple l’urgence d’agir dans le nord de l’Inde. Anna Carratalà indique dans ce cas la nécessité d’ajouter à leur set d’informations la concentration annuelle des virus d’hépatite E dans les eaux du Ganges et, simultanément, le nombre de cas d’hépatite enregistrés dans les hôpitaux de la région afin de déterminer plus clairement l’influence des facteurs environnementaux sur l’émergence d’épidémies d’hépatite E.

Pour générer ces données, l’EPFL a collaboré avec le Service National d’épidémiologie indien. Dans un nouveu projet, les chercheurs vont comparer l’effet des activités humaines sur la présence de l’hépatite E et d’autres polluants – à l’instar des gènes de résistance aux antibiotiques – dans les eaux du Rhône, sur territoire suisse avec celles du Ganges, en Inde.

Sur cette carte, les chercheurs ont comparé l'emplacement des camps de réfugiés avec les foyers d'hépatite E répertoriés à ce jour. © LCE/LASIG EPFL 2019