Transition numérique dans les Sciences de la Vie

Crédit: ShutterStock

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Le 27 février, Nicolas Argento, de l'équipe informatique de la Faculté des sciences de la vie de l'EPFL, a publié un article dans le journal EMBO Reports. Il y décrit le projet de déploiement et le service de carnets de laboratoire (ELN) et de systèmes de gestion d’information de laboratoire (LIMS) créés il y a 6 ans.

Dans l'article, Nicolas Argento, décrit les efforts déployés par l'EPFL pour mettre en place un outil numérique pour collecter les données de recherche des laboratoires en biologie. La Faculté des sciences de la vie de l'EPFL, la Vice-présidence des systèmes d'information et la Vice-présidence de la recherche ont collaboré à un projet visant à mettre à la disposition des chercheurs un service de carnets électroniques de laboratoire (ELN) et de systèmes de gestion des informations de laboratoire (LIMS).

Le rapport présente les ressources, la méthodologie et les facteurs clés de succès qui ont conduit à l'adoption de ce nouvel outil par plus de 500 utilisateurs. Le suivi des expériences de laboratoire, l'identification des échantillons, le stockage ainsi que le suivi et la gestion des procédures opérationnelles standard ont été améliorés et facilités. Les nouvelles pratiques ont un impact positif sur la qualité et l'efficacité de la recherche en augmentant la disponibilité des données, leur réutilisabilité et la reproductibilité des expériences dans les sciences de la vie.

Nicolas Argento poursuit en expliquant que le succès est dû au choix d'une plateforme hautement personnalisable, qui permet aux laboratoires de rester les architectes de leur système d'information. Parallèlement, il propose la création d'un poste de gestionnaire de données (Data manager) qui serait chargé des outils et pratiques liées à la gestion de données dans son laboratoire. Cette position favoriserait la qualité et l’efficience de la recherche tout en maintenant les nécessaires créativité et liberté dans les pratiques scientifiques.

Au-delà des chercheurs, la transformation numérique a également eu un impact sur les services centraux et de proximités de l'École. Comme l'illustre ce projet, surmonter les défis posés par la recherche moderne en sciences de la vie nécessite une forte collaboration entre l'informatique et les laboratoires. "Permettre une bonne gestion des données de recherche est possible, en établissant un environnement approprié", déclare Gaël Anex, chef de l'unité informatique de l'École des sciences de la vie. "Les principaux défis ne sont plus technologiques, ils sont d'ordre managérials".

Quelques extraits de l'article :

"Le comité de pilotage a engagé un chef de projet pour coordonner les intérêts et les exigences des multiples acteurs de domaines éloignés, ce qui a rendu ce projet aussi complexe que fascinant".

 "Les laboratoires ont été laissés à eux-mêmes. Cette initiative institutionnelle nous a permis de créer l'ELN/LIMS en tant que produit de base pour plus de 50 laboratoires, principalement dans le domaine des sciences de la vie".

"L'annonce du Fonds national suisse de la recherche scientifique (FNS) de rendre obligatoire un plan de gestion des données pour toutes les demandes de subsides à partir d'octobre 2017 a créé un pic de demande pour nos services en 2018".

"La décision d'utiliser la plateforme reste encore à l'appréciation de l'IP".

"En fin de compte, c'est la pratique quotidienne des scientifiques qui va conduire et soutenir la transformation numérique des sciences de la vie."

Références

Argento N. Institutional ELN/LIMS deployment. EMBO Reports 27 February 2020. DOI: 10.15252/embr.201949862