"Le monde n'a plus d'autre choix que de compter sur la science"
Jacques Fellay (crédit : Alain Herzog, EPFL)
Interview de Jacques Fellay, professeur à la faculté des Sciences de la vie de l'EPFL, sur les mutations du nouveau coronavirus, ses interactions avec le génome humain et la manière dont elles pourraient affecter la pandémie actuelle.
Le virus du SRAS-CoV-2 a-t-il déjà muté ?
Comme tous les virus, le SRAS-CoV-2 évolue au fil du temps par des mutations aléatoires de son génome (qui est constitué d’un simple brin d’ARN). Ces petites modifications peuvent être utilisées pour établir des arbres phylogénétiques, des diagrammes qui montrent les relations évolutives entre les coronavirus et qui fournissent des indications sur la propagation du virus. Cependant, la plupart des mutations n'ont pas d'impact sur l'aptitude du virus à provoquer des maladies et, jusqu'à présent, il n'existe aucune preuve de l'existence de souches plus ou moins virulentes de SRAS-CoV-2.
Que nous a appris le génome du SRAS-CoV-2 ?
Tout d'abord, nous avons très vite su que l'agent pathogène responsable de cette pneumonie grave d'origine inconnue dans la ville de Wuhan était en fait un coronavirus. Deuxièmement, le séquençage de l'ARN viral a permis de déterminer que le virus est probablement passé de l'animal à l'homme en novembre 2019, et que la chauve-souris en est le réservoir le plus probable. Désolé de vous décevoir, mais ce n'est sans doute pas le pangolin... Enfin, la distribution des mutations aléatoires identifiées dans le génome du virus permet de reconstruire les voies temporelles et géographiques de la propagation virale, une information précieuse pour les politiques de santé publique.
Y a-t-il une corrélation entre la génétique et la gravité des symptômes ?
Sur le plan viral, comme je l’ai dit, rien ne suggère que les légères variations observées dans le génome aient un impact sur les symptômes et la gravité de la maladie. Du côté humain, la réponse est : "Nous ne savons pas encore". Comme pour toutes les maladies infectieuses, la variation génétique humaine est susceptible d'expliquer certaines des différences observées entre les patients. Cependant, nous ne disposons pas encore de données.
Est-il vrai qu'une fois que vous êtes infecté, le virus reste dans votre corps pour toujours dans votre ADN ?
Non. Ce n'est vrai que pour les rétrovirus comme le VIH, qui ont la capacité de s'intégrer dans notre propre ADN et de persister à vie. Les coronavirus dépendent de notre machinerie cellulaire pour se reproduire, mais ils ne peuvent pas coloniser le génome humain. Une fois qu'une personne est guérie, le virus est complètement éliminé.
Comment cette pandémie contribuera-t-elle à vos recherches en matière de génomique humaine et d'infections ?
Mon laboratoire a pour but de comprendre comment la variation génétique humaine influence notre réponse aux maladies infectieuses. Nous cherchons des indices pour mieux combattre les agents pathogènes au sein de notre génome. Notre projet est de séquencer le génome de patients, en bonne santé habituelle et âgés de moins de 50 ans, qui développent une forme potentiellement mortelle de l’infection par le SRAS-CoV-2. L'identification des variants génétiques expliquant ce tableau clinique très inhabituel pourrait nous aider à comprendre les gènes et les voies moléculaires qui jouent un rôle crucial dans la pathogenèse virale, et fournir ainsi de nouvelles pistes pour le développement de médicaments et de vaccins.
Les publications scientifiques sur le thème du coronavirus sont pour la plupart publiées sans être révision par les pairs. Cela pose-t-il un problème ? Les articles sont-ils toujours utiles ?
Pendant cette pandémie, il est crucial de diffuser rapidement des informations scientifiques sur l'épidémiologie, la biologie virale, les résultats cliniques, la prévention et la thérapie, etc. Le modèle classique de publication, avec révision par les pairs, ne peut tout simplement pas s’appliquer. Cela a conduit à une avalanche de preprints sur le coronavirus (>500 sur bioRxiv et medRxiv, au cours des 3 derniers mois). Nombre d'entre eux ont fourni des informations essentielles sur l'épidémie, presque en temps réel. Donc non, je ne pense pas que ce soit un problème. Bien sûr, nous devons garder à l'esprit que certains preprints se révéleront faux. Mais la grande majorité est scientifiquement fondée - plusieurs d'entre eux finissent d’ailleurs chaque semaine dans Nature ou dans le New England Journal of Medicine - et joue un rôle essentiel dans la diffusion rapide des connaissances.
Pensez-vous que cette pandémie pourrait changer l'opinion des gens à l'égard de la science ?
Pour être franc, le monde n'a plus d'autre choix que de compter sur la science pour sauver des vies, prédire l'impact des diverses stratégies de confinement ou de test, développer des antiviraux efficaces et, à terme, un vaccin. Cela suffira-t-il pour que la société prête une oreille plus attentive aux scientifiques à l'avenir ? On ne peut que l'espérer !