«La bio-informatique est un domaine en constante évolution»

Parlez-nous un peu de vous. Qu’est-ce que vous aimez faire?

J’aime apprendre de nouvelles choses aux points de rencontre de la biologie, de la médecine, de l’informatique et de l’ingénierie. J’aime appliquer et améliorer mes compétences en aidant les chercheurs à résoudre des problèmes et à acquérir de nouvelles connaissances dans le processus. Je suis marié, j’ai quatre enfants et je vis toujours dans la ferme familiale de La Sarraz, qui est désormais une exploitation biologique gérée par ma femme, Christina. Si je me lève et me rends au travail avec plaisir chaque matin, c’est parce que j’aime la bio-informatique et que je pense qu’elle est une composante importante de la science et des soins de santé pour atteindre un plus grand bien commun.

Quels sont les services fournis par votre plateforme?

Au Centre de compétences en bio-informatique, nous pensons que la bio-informatique est un mélange de services et de partenariat de recherche. Nous avons une très grande expérience pour tous les types d’analyses d’ADN et d’ARN, en vrac, unicellulaires ou en amplicons. Notre portefeuille contient également des travaux sur la structure des protéines et les variantes associées, la protéomique et les modifications post-traductionnelles, la cytométrie en flux et l’analyse des populations cellulaires, divers types d’analyse d’images microscopiques et la reconstruction 3D. Nos développeurs et programmeurs web peuvent aider à l’organisation, l’interfaçage et la visualisation des données. Nous proposons également l’automatisation et la personnalisation des pipelines analytiques existants ou le développement de nouveaux outils pour l’analyse de nouvelles sorties d’instruments ou de nouveaux types de données.

En quoi consiste votre travail?

Notre travail consiste à discuter avec les chercheurs et les étudiants afin de comprendre l’objectif et la portée des expériences qu’ils souhaitent mener, à les conseiller sur la manière dont les données sont produites et organisées, à examiner avec les personnes de notre groupe la meilleure manière de traiter et d’analyser les données que nous recevons, et à effectuer l’analyse en utilisant les outils existants ou en développant de nouveaux outils. Nous veillons à disposer des outils et de l’environnement adéquats pour effectuer le travail dans de bonnes conditions, en mettant en contact les membres du personnel sur les mêmes projets lorsque cela est possible et utile afin d’accélérer les progrès et de diffuser l’expertise. Nous suivons également l’évolution du travail de notre équipe, en veillant à ce que les résultats produits soient de la plus haute qualité, reproductibles et clairement présentés à nos clients.

Quels défis devez-vous relever dans votre fonction?

La bio-informatique est un domaine en constante évolution. De nouvelles technologies et techniques apparaissent presque tous les jours. Nous devons adapter les outils existants, en développer de nouveaux et acquérir de nouvelles compétences. Nous essayons d’emprunter des techniques d’analyse d’autres domaines, mais il est impossible pour une seule personne de posséder toutes les compétences. L’un des défis consiste donc à disposer d’une équipe suffisamment importante et complémentaire pour couvrir toutes les bases. Nous fonctionnons également sur le principe d’une rémunération à la tâche. Il est donc important que nous disposions de ressources suffisantes pour soutenir tous les projets en cours. Et nous recevons de nombreuses demandes dont les échéances se chevauchent. Il peut donc être difficile de gérer les attentes et les délais.

Quels sont vos projets pour l’avenir de la plateforme?

D’abord, poursuivre le dialogue avec les professeurs afin de clarifier le fait qu’il n’existe pas de «bio-informaticien universel», mais que chacun est porteur d’un mélange unique d’expertise commune et spécialisée. La force de notre centre est de pouvoir atteindre une masse critique pour répondre aux attentes. Ensuite, adapter la plateforme et développer les compétences et l’expertise de notre personnel afin de pouvoir répondre aux demandes de nos utilisateurs.