Finaliste Prix EPFL de doctorats 2015 - Sebastian Waszak

Il est de plus en plus admis que les variations des séquences ADN non codantes sont en grande partie responsables des variations phénotypiques chez les organismes complexes. Cependant, la relation entre les variations des séquences non codantes et les variations phénotypiques reste obscure car nous ne comprenons pas encore suffisamment comment les variations de l’ADN peuvent affecter les phénotypes moléculaires tels que les expressions des gènes ou les interactions protéine-ADN. Cette thèse se concentre donc sur le décodage des réseaux de régulation géniques (RRG) métazoaires qui contrôlent l’expression des gènes en utilisant une approche novatrice intégrant respectivement des perturbations chimiques et génétiques, ainsi que des mesures moléculaires à l’échelle du génome (expression des gènes, interactions protéine-ADN et modifications des histones). Les contributions majeures de cette thèse sont (i) une carte à l’échelle du génome des séquences d’ADN régulatrices dans des souches de Drosophila melanogaster dérivées du type naturel (wildtype), (ii) la découverte de nouveaux composants de régulation à la fois cis et trans dans le RRG murin adipogénique, (iii) une méthode informatique qui identifie les artefacts techniques dans le contexte des associations épigénomiques, et (iv) des associations génétiques de différents phénotypes moléculaires (par exemple les interactions protéine-ADN) avec des séquences d’ADN régulatrices dans une population humaine.

Figure 1. Transmission des interactions protéine-ADN des parents à leur progéniture.