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Et si les citoyens pouvaient analyser l'ADN des aliments?

© Alain Herzog / 2019 EPFL

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Samedi dernier, le Laboratoire d’Épidémiologie Digitale de l’EPFL a organisé son premier atelier de séquençage génétique de nourriture en collaboration avec SwissDeCode et Hackuarium, grâce au soutien de la fondation Kristian Gerhard Jebsen. Cet événement marque une étape importante pour le projet de science citoyenne Open Food Repo DNA.

Notre système de production alimentaire est une chaine complexe. De la matière première au produit fini, l’aliment passe par un processus de transformation, souvent en plusieurs étapes et au-delà des frontières. Ce mécanisme suscite de nombreuses questions quant à la réelle composition de ce que l’on mange, d’autant plus que certains événements peuvent lui porter préjudice, à l’image de la fraude de 2013 faisant passer de la viande de cheval pour du bœuf.

Pour pallier ce problème, Open Food Repo DNA ambitionne de développer un protocole qui permettrait un jour à toutes et à tous de procéder au séquençage génétique des aliments transformés afin d’identifier chaque composant. Ainsi, le projet ajoutera la composante ADN des produits alimentaires à l’Open Food Repo, une base de données en libre accès regroupant des informations sur plus de 40’500 produits alimentaires vendus en Suisse, développée par le Laboratoire d’Épidémiologie Digitale de l’EPFL.

La recette du séquençage génétique

L’ADN est une molécule qui encode toutes les informations nécessaires à la vie d’un organisme, que ce soit un oignon ou un être humain. Son séquençage consiste à convertir le matériel génétique en une information, ou séquence, pouvant être analysée et interprétée.

Très coûteux et nécessitant un savoir-faire et une infrastructure spécifiques, le séquençage génétique des aliments était jusqu’à récemment réservé aux universités ou entreprises spécialisées. Néanmoins, de nouvelles technologies dans ce domaine ont rendu le procédé plus accessible, techniquement et financièrement, aux petites structures telles que les laboratoires de communauté. Dans ce cadre, l’équipe d’Open Food Repo DNA travaille sur le développement d’un nouveau protocole depuis l’automne 2018. Traduit sous la forme d’instructions à la manière d’une recette de cuisine, celui-ci implique l’utilisation d’outils et de techniques tels que le séquençage haut débit ou le «DNA barcoding», qui consiste à n’examiner qu’un petit morceau d’ADN. Ce dernier agit comme un code-barres car il est assez semblable chez tous les organismes pour être facilement extrait du reste de l’ADN, tout en restant assez différent des parties de gènes choisies pour permettre l'identification d'espèces d’animaux ou plantes.

«La première étape consiste à bien mélanger la nourriture à l’aide d’un mixeur. La suite est l’extraction de l’ADN en utilisant des produits chimiques et des températures élevées», explique Pietro Cattaneo, Scientifique en R&D à SwissDeCode. La portion de l’ADN qui présente un intérêt est ensuite amplifié en une multitude de copies puis analysé grâce à un dispositif de séquençage, qui convertit les molécules en un signal électronique lui-même traduit en code ADN.

La science citoyenne au service de la transparence alimentaire

Véritable projet de science participative, Open Food Repo DNA a pour objectif à long terme de permettre aux consommateurs d’examiner leurs aliments et d’identifier les ingrédients les composant. Dans ce cadre, le procédé développé par l’équipe a été mis à l’épreuve par une dizaine de personnes samedi 4 mai 2019. Pour ce premier atelier, scientifiques et amoureux de la science ouverte ont passé la journée au laboratoire de communauté Hackuarium. Des chips au paprika aux falafels, en passant par un sandwich au thon ou une sauce pesto, de nombreux aliments ont été passés au crible par les participants, qui recevront les séquences ADN sous peu.

«De nos jours, face au nombre grandissant de produits transformés, les consommateurs désirent savoir ce qu’il y a dans les aliments qu’ils mangent. Ce que je trouve intéressant avec ce projet est qu'on a la possibilité d’analyser cette nourriture soi-même», s’enthousiasme Barbara Pfenniger, responsable alimentation à la Fédération Romande des Consommateurs (FRC), et une des participantes à l’atelier. «Les projets de science ouverte ont un effet boule de neige; ils permettent de multiplier le nombre de personnes qui s’y intéressent et qui jettent un regard analytique sur les denrées que l'on mange».

La journée s’est terminée par des échanges fructueux sur la méthode développée par le projet. «D’autres ateliers similaires seront organisés à Hackuarium afin d’affiner le protocole, le rendre plus accessible et le tester à nouveau. Ensuite, sous souhaiterions répliquer cet atelier dans d’autres laboratoires de communauté, en Suisse et ailleurs», explique Talia Salzmann, en charge du projet au sein du Laboratoire d’Épidémiologie Digitale de l’EPFL.

Tout en ouvrant le dialogue sur le rôle et les enjeux des nouvelles technologies dans les domaines de l’alimentation et de la santé, le projet a pour ambition de rendre possible l’examen génétique de tout produit mis à disposition sur le marché Suisse, faisant place à une meilleure transparence alimentaire et des conséquences positives sur la santé des consommateurs.

Partenaires externes

SwissDeCode: entreprise qui développe des solutions de certification d’authenticité et de sécurité alimentaire (développement des protocoles).
Hackuarium: laboratoire communautaire et citoyen qui permet à toutes et tous d’explorer de nouvelles façons d’imaginer et de concevoir la recherche et l’innovation (a accueilli l’atelier).
Fondation Kristian Gerhard Jebsen: fondation suisse d’utilité publique active notamment dans la promotion de la santé par une meilleure alimentation (financement du projet).


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© Alain Herzog / 2019 EPFL
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