Stocker et interpréter le génome de manière sécurisée
© 2013 Alain Herzog
A l’heure où le séquençage du génome se démocratise, se pose la question de l’interprétation de ces données et de leur stockage sécurisé. Sophia Genetics, start-up du Parc Scientifique de l’EPFL, en a fait sa spécialité. Elle vient de lever 2.8 millions de francs.
Le décryptage du génome va prochainement permettre de proposer des traitements individualisés. De nouveaux médicaments prescrits en fonction de marqueurs génétiques arrivent d’ailleurs sur le marché. Vu la diminution drastique du coût de l’analyse ADN, elle pourrait même permettre à plus long terme de connaître les prédispositions à certaines maladies, les allergies ou les intolérances alimentaires de chacun. Surfant sur cette vague déferlant dans la médecine, Jurgi Camblong, Pierre Hutter et Lars Steinmetz ont fondé une start-up afin de stocker de manière sécurisée la quantité de données, qui s’annonce considérable (un seul génome comporte 3 milliards de lettres –ou nucléotides- !) Leur lecture sera facilitée grâce à un nouveau software.
Lancé en septembre 2012, ce nouvel outil de bioinformatique est déjà utilisé par une dizaine d’hôpitaux et laboratoires d’analyse en Suisse. La jeune entreprise basée au Parc scientifique d’Ecublens vient de lever 2.8 millions de francs pour se développer. L’échantillon d’ADN est prélevé lors d’un examen médical et envoyé pour extraction à un laboratoire spécialisé.
Visualiser l’ADN d’un patient en un clin d’oeil
Lorsqu’il a été séquencé, les données sont transmises à Sophia Genetics pour une analyse bioinformatique. Le généticien a ensuite accès à un outil de visualisation pour l’aider à interpréter les données. D’autres applications pour visualiser et effectuer des biopsies électroniques de tout ou parties de génomes sont en train d’être élaborées.
Comment s’assurer que les renseignements sur le patrimoine génétique d'un individu ne seront pas divulgués, par exemple aux assurances et aux employeurs? L’entreprise a travaillé à standardiser et automatiser le processus d’analyse et de conservation des donnéesdans deux data centers en Suisse. La start-up développe avec le Laboratoire de Jean-Pierre Hubaux de l’EPFL un système de stockage hautement sécurisé qui pourrait être nécessaire dans le futur. L’un des éléments principaux de la confidentialité est de remettre au patient avec chaque séquençage une clé cryptographique en deux parties. Le patient en donnera une partie à Sophia Genetics et l’autre au praticien de façon à ce que les données ne puissent être lues que lorsque le patient a donné son accord.
Sophia Genetics vise loin: couvrir 80% du marché suisse dans le domaine du diagnostic d’ici la fin de l’année et s’étendre au marché européen qui pourrait atteindre les 500 millions de francs d’ici 2015. Pour Jurgi Camblong les utilisateurs ont d’ailleurs tout intérêt à posséder un hébergeur et un logiciel commun afin de standardiser les procédés des laboratoires.